（一）办公室。负责机关日常运转，承担文电、会务、机要、档案、信息、保密、新闻宣传、舆情应对、政务督查、政务公开等工作；牵头负责系统安全生产工作；承担机关资产管理、后勤保障等工作；承担机关及所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训及系统内出国（境）人员政审报批等工作；承担局管干部及领导班子建设的有关工作；承担自然资源行业专业技术职称申报、评审工作，组织指导所属事业单位的专业技术职称评聘工作；组织指导自然资源干部人才队伍建设和基层自然资源所建设；承担系统内目标管理考核、机关工作人员考核等工作。
（二）财务审计科。承担机关各项行政事业性收费和自然资源专项基金的征收、使用及管理工作；拟订有关财务及资产管理制度规定并组织实施；负责机关及所属单位的财务、国有资产监管；负责机关及所属单位行政事业经费的统一管理；承担国家和省财政拨给的自然资源工作经费、专项经费及其他资金的管理工作；协助财政、税务部门做好有关税费的征收工作；负责监督管理机关及所属单位的政府采购工作；按干部管理权限对领导干部进行经济责任审计；承担机关内部审计工作，组织指导所属单位内部审计工作；负责对系统内执行财经法纪、财务收支以及有关经济活动中重大事项实施审计监督；协助配合财政、审计部门开展财务检查与审计工作。
（三）空间规划科。贯彻执行国土空间规划相关政策，承担建立全市空间规划体系工作并监督实施；牵头开展城乡统筹发展、新型城镇化、主体功能区等规划研究；组织编制全市国土空间规划并监督实施；承担报省政府和南通市政府审批的国土空间规划的初审工作，承担报海门市政府审批的国土空间规划的论证、审查、报批工作，指导和审查全市涉及国土空间开发利用的重要专项规划；指导协调区镇国土空间规划、专项规划、详细规划的编制与实施；开展全市国土空间开发适宜性评价，逐步建立国土空间规划实施监测、评估和预警体系；负责农村发展、乡村振兴涉及规划的政策落实等相关工作；组织开展全市镇村布局规划优化完善工作；指导编制各类村庄规划和乡村建设专项规划；负责城市详细规划相关政策研究、标准制定和规范化管理工作；组织开展城市规划区控制性详细规划、修建性详细规划的战略研究工作；负责并指导全市控制性详细规划、相关专项规划的编制、论证和报批工作；承担城市规划研究工作并指导区镇开展规划研究；参与制定城市规划编制项目年度计划；参与跨区域重要项目的可行性研究，牵头负责跨区域项目选址初审工作；参与跨区域重要项目、重大基础设施规划工作的协调与对接。
（四）建设规划科。负责全市建设项目规划条件拟定及上报工作；负责宗地面积2公顷以上新建项目的修建性详细规划审核和上报工作；负责全市经规划许可的在建项目的验线、规划核实工作；负责对城乡规划编制单位或勘察设计单位依法开展相关城乡规划工作进行登记备案；负责对全市历史街区、历史地段、历史建筑保护规划的监督检查；参与国土空间规划、控制性详细规划、相关专项规划的审查；参与全市（含风景名胜区）建设项目选址意见书、建设用地规划许可、临时建设用地规划许可的规划研究工作；参与建设项目建设工程设计方案、扩初设计会审；参与全市经规划许可的在建项目的监督检查、协调联络；参与全市专业性强的违反规划的认定工作；负责组织全市市政与交通规划的政策研究和制度制定；负责公共地下空间的规划管理；参与全市公用设施类项目、绿地（含景观水系）、广场类项目和道路、桥梁及公共停车场等各类交通设施选址意见书、建设用地规划、建设用地规划许可、建设工程方案、建设工程规划许可、临时建设工程规划许可的技术审查工作；参与各类建设项目管线工程方案的会审；参与全市市政、交通类具体项目的规划研究工作，参与全市重要市政、交通类项目的协调与推进；参与全市管线工程的普查和管线数据的管理；参与全市国土空间规划、控制性详细规划的编制、审查和论证；参与全市重大公用设施与绿化、重大交通设施项目的规划选址研究；承担全市历史文化名城、名镇、名村以及历史街区各类规划的编制组织工作；协调指导全市历史文化街区、历史建筑的保护修缮工作；参与全市历史文化保护相关政策研究工作；参与涉及全市历史文化名城保护的各类建设项目的技术审查工作；负责全市风景名胜区的管理工作，组织编制风景名胜区总体规划、详细规划并监督实施，负责对全市风景名胜区的规划实施情况、资源保护状况进行监督检查；参与审核风景名胜区及周边控制范围内新建建（构）筑物的项目及设计方案。
（五）执法监督科（法规科）。承担自然资源管理方面重大行政决定的合法性审查；承担有关规范性文件的合法性审查、备案和清理工作；负责自然资源领域的规范性文件起草工作；组织开展自然资源法治宣传教育；推进自然资源部门依法行政工作；牵头负责行政复议、行政应诉等有关工作；牵头协调信访工作；拟订全市自然资源执法监督和违法案件查处的有关规定；查处全市自然资源和国土空间规划违法案件；对自然资源和国土空间规划的方针政策、决策部署和法律法规执行情况进行监督检查；指导自然资源执法机构和队伍建设，组织自然资源执法人员的业务培训。
（六）调查监测科（自然资源确权登记科）。承担组织编制自然资源发展战略、中长期规划和年度计划工作；开展自然资源领域重要问题调查研究，组织开展自然资源管理形势分析；负责起草重要文件文稿，协调自然资源领域综合改革有关工作；负责综合统计和专业统计归口管理；承担自然资源领域军民融合深度发展工作；拟订自然资源科技发展规划、计划并组织实施；贯彻执行有关技术标准、规程规范，组织实施自然资源领域重大科技工程、项目计划及创新能力建设；负责组织全市自然资源科技项目申报、科技成果评审工作；承担自然资源领域科技成果管理和科技人才培养工作；承担自然资源对外交流与合作工作；负责自然资源信息化管理工作；贯彻执行自然资源调查监测评价的指标体系和统计标准，落实自然资源定期调查监测评价制度；定期组织实施全市自然资源基础调查、变更调查、动态监测和分析评价；开展水、森林、湿地资源和地理国情等专项调查监测评价工作；承担自然资源调查监测评价成果的汇交、管理、维护、发布、共享和利用监督；贯彻执行各类自然资源和不动产统一确权登记、权籍调查、不动产测绘、争议调处、成果应用的政策、制度、标准、规范；审核用于不动产登记的测绘成果；组织开展全市自然资源和不动产登记工作，指导监督区镇自然资源和不动产确权登记工作；建立健全全市自然资源和不动产登记信息管理基础平台；指导全市地质勘查工作，参与地质勘查行业管理，编制地质勘查规划并监督检查执行情况；组织全市公益性地质调查和矿产资源勘查评价；承担地质灾害的预防和治理工作，监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题；执行矿业权管理政策，承担矿业权审核及市本级登记发证的采矿权审批登记和出让工作，依法调处权属纠纷；组织实施保护性开采的特定矿种、优势矿产的开采总量控制及相关管理工作；拟订全市矿产资源规划并组织实施，监督指导矿产资源合理利用和保护；承担矿产资源储量备案、登记、统计和信息发布及压覆矿产资源相关管理工作；实施矿山储量动态管理，建立矿产资源安全监测预警体系；承担市本级登记发证的采矿权价款评估工作；承担行业安全生产工作；监督地质资料汇交、保管和利用，监督管理古生物化石；拟订全市基础测绘管理政策和规划、计划并监督实施；组织实施和指导基础测绘和地理信息资源建设等项目；监督管理全市民用测绘、航空摄影、卫星遥感数据获取；贯彻执行测绘行业管理政策，监督管理全市测绘活动、质量，指导城市规划、不动产、海洋、林业、地下管线等测绘工作；管理测绘资质资格和测绘地理信息市场；承担测绘信用体系建设与管理工作；监督实施地理信息安全保密政策；负责地理信息成果管理和测量标志保护，审核全市重要地理信息数据；负责地图管理，审查向社会公开的地图，监督互联网地图服务，开展国家版图意识宣传教育，协同拟订界线标准样图；提供地理信息应急保障，指导监督地理信息公共服务。
（七）利用管理科。贯彻执行全民所有自然资源资产管理政策，落实全民所有自然资源资产统计制度，承担自然资源资产价值评估和资产核算工作；编制全民所有自然资源资产负债表，执行相关考核标准；贯彻执行全民所有自然资源资产划拨、出让、租赁、作价出资（入股）和土地储备政策；牵头负责报省政府和市政府审批的改制企业的国有土地资产处置工作；负责建设项目土地利用情况的监督检查、跟踪管理；贯彻执行自然资源资产有偿使用制度，承担自然资源市场交易规则拟订和交易工作，组织开展自然资源市场调控；负责自然资源市场监督管理和动态监测，推进自然资源市场信用体系建设；落实政府公示自然资源价格体系，组织开展自然资源分等定级价格评估；执行自然资源开发利用标准，开展评价考核，指导节约集约利用，组织开展全市自然资源节约集约利用综合评价考核工作。
（八）行政服务科。牵头全市自然资源领域行政审批制度改革工作；负责自然资源、国土空间规划、林业、海洋、测绘等行政审批事项的审查或审批工作，并限时办结；参与现场勘查、专家论证和相关技术审查；协调市以上重大项目、重大工程的并联审批，协调办理与其他部门联合审批事项；负责做好与市行政审批局的工作衔接、执法结果反馈等工作；负责事中事后监管事项的牵头、汇总和评价工作；牵头“双随机、一公开”监管工作和“一张图”工作。
（九）用途管制科（耕地保护科）。组织实施国土空间用途管制制度规范和技术标准；编制土地、海洋年度利用计划并组织实施；贯彻执行耕地、林地、湿地、海域、海岛等国土空间用途转用政策；承担并指导建设项目用地预审工作；承担报国务院、省政府和市政府审批的各类土地用途转用的审查（核）、报批与管理工作；贯彻执行城乡规划管理等用途管制政策；负责城乡建设用地增减挂钩等工作的管理和组织实施；贯彻执行耕地保护政策，组织实施耕地保护责任目标考核和永久基本农田特殊保护，负责永久基本农田划定、占用和补划的指导协调、组织实施和监督管理；组织实施并指导区镇开展耕地占补平衡管理工作，承担补充耕地指标的调剂和市级统筹管理工作；承担土地征收征用管理工作；负责耕地保护政策与林地、湿地等土地资源保护政策的衔接；组织指导全市国土空间生态修复工作；承担国土空间生态修复政策研究工作，拟订国土空间生态修复规划并实施有关生态修复重要工程；承担国土空间综合整治、土地整理复垦、矿山地质环境恢复治理、海洋生态、海域海岸带和海岛修复等工作；承担生态保护补偿相关工作。
（十）林业海洋科。拟订全市林业中长期规划并组织实施，推进国土绿化工作；指导各类生态公益林和商品林的培育、低产低效林改造和退化林修复工作、实施森林质量提升工程；拟订森林公园发展规划并监督实施；负责林木种苗管理工作；指导监督全民义务植树，承担古树名木保护相关工作；指导林业科学研究、成果转化和技术推广、重大林业科技项目申报等相关工作；承担林业应对气候变化相关工作；负责林业统计信息工作；指导林业产业发展；拟订全市森林资源可持续发展的政策措施，组织编制森林采伐限额并监督实施；承担林地管理相关工作，组织编制林地保护利用规划并监督实施；组织编制森林经营规划和方案并监督实施；监督管理林木凭证采伐、运输；承担县级以上生态公益林的区划界定、保护和管理相关工作；拟订湿地公园发展规划并监督实施；组织开展森林资源动态监测与评价；承担集体林权制度改革相关工作；组织指导实施相关生态补偿制度；负责监督管理自然保护地，拟订自然保护地发展规划和相关技术规范并监督实施；组织实施自然保护地生态修复工作；按规定提出新建、调整自然保护地的审核建议并按程序报批；负责陆生野生动物保护相关工作；贯彻落实国家海洋发展、海洋强国建设等重大战略；拟订海洋经济发展、海岸带（含沿海滩涂）综合保护利用、海洋功能区划等规划、计划并组织实施；贯彻执行海域海岛保护利用、海洋军民融合发展规划；参与推动海洋新兴产业发展和海洋科技工作；组织开展海洋经济运行综合监测、统计核算、调查评估、信息发布工作；贯彻执行海域使用、海岸线保护利用和海岛保护利用政策与技术规范，监督管理海域海岛开发利用活动；统筹协调沿海滩涂围垦开发管理工作；负责组织县级审批用海项目的专家论证，参与报国务院、省政府、南通市政府审批的用海、用岛的审查工作；组织开展海域海岛使用监视监测和评估，承担海岛名称及其标志设置、海底电缆和管道管理的有关工作；负责海域行政区域界线勘定和管理；协助领海基点等特殊用途海岛的保护管理；配合开展维护国家海洋权益相关工作；贯彻执行海洋观测预报、海洋科学调查政策和制度；开展海洋生态预警监测、灾害预防、风险评估和隐患排查治理，发布警报和公报；建设和管理海洋观测网；组织开展海洋科学调查与勘测；参与编制并组织实施海洋灾害应急预案，参与重大海洋灾害应急处置。
机关党总支。按规定指导和推进自然资源系统党的建设工作；负责机关和所属单位的党群工作；承担局党组党风廉政建设主体责任的日常工作；研究拟定系统内党风廉政建设和反腐败工作的具体措施，并进行任务分解；组织开展廉政宣传教育；协调推进廉政风险排查和防控，推动制度建设；对系统内党风廉政建设责任制落实和作风建设情况进行监督检查，并督促问题整改；按规定受理并调查处理有关违纪违法问题线索。